Dr. Vagenende studeerde in 2003 af als arts aan de Universiteit Gent en in 2006 als tandarts aan de VUB. Vervolgens specialiseerde hij zich in de stomatologie en de mond-, kaak- en aangezichtschirurgie in het UZ Brussel onder leiding van Prof. Dr. G. Wackens en in het Onze-Lieve-Vrouwziekenhuis te Aalst onder leiding van Dr. H. Van den Eynde en Dr. T. De Backer. Van februari 2012 tot mei 2016 was hij ook werkzaam op de dienst MKA van het UZ Brussel waar hij verantwoordelijk was voor de OSAS-problematiek (obstructief slaapapneu syndroom).
In een familie met 8 tandartsen heeft hij zich sinds 2008 vooral toegelegd op de dento-alveolaire chirurgie met in het bijzonder tandextracties en tandimplantaten. Hij werkt dan ook met verschillende types en merken implantaten daar de prothetische voorkeur van de tandarts minstens even belangrijk is.
In zijn privé-praktijk is het mogelijk om het plaatsen van tandimplantaten volledig digitaal te plannen (3D) en worden de meeste cases dan ook gepland én geplaatst met een GPS-systeem. Hij is de eerste én enige implantoloog te Gent die over deze GPS (X-Guide™ van Nobel-Biocare) beschikt.
Dr. Vagenende is daarnaast diensthoofd Stomatologie en Mond-, Kaak- en Aangezichtschirurgie in het Jan Palfijn ziekenhuis te Gent.